אנתרופיק: סוכני Claude איתרו מערכת אנזימים "שמזכירה את CRISPR". מדענים מבקשים לחכות לתוצאות המעבדה
לדברי אנתרופיק, כ-950 סוכני Claude שעבדו במקביל איתרו תוך 21.5 שעות משפחה חריגה של אנזימים בנגיפים שתוקפים חיידקים, עם מאפיינים "שמזכירים את CRISPR". חוקרי עריכה גנטית מתייחסים לממצא בזהירות: הדוח הטכני לא עבר ביקורת עמיתים, ועדיין לא ידוע אם המערכת יכולה לשמש לעריכת גנים.
אנתרופיק הודיעה ב-23 בספטמבר כי מודל השפה שלה, Claude, זיהה מערכת אנזימים עם תכונות "שמזכירות את CRISPR", כלי העריכה הגנטית שזיכה את מפתחותיו בפרס נובל. לפי החברה, כ-950 סוכני Claude שפעלו במקביל מצאו את הרצפים הגנטיים המעניינים בתוך 21.5 שעות. כפי שמדווח ב-Wired, מדענים בתחום מתייחסים להכרזה בזהירות. הם מכירים בכך ששיטת החיפוש מרשימה, אבל לדבריהם עוד מוקדם לקבוע מה בדיוק נמצא.
מה Claude מצא
חוקרי אנתרופיק ביקשו מ-Claude לחפש במאגרי מידע גנומיים עצומים "דוגמאות חדשות ומעניינות" של reverse transcriptases, חלבונים שמעתיקים RNA ל-DNA. זה ההפך מהתהליך הרגיל בתאים שלנו, אבל אורגניזמים אחרים משתמשים בו למגוון תפקידים, בהם החדרה של מקטעי DNA.
לפי אנתרופיק, הסוכנים זיהו בתחילה יותר מ-200 אלף מועמדים. מתוכם הם בחרו כמה אלפים שנראו חדשים, והמשיכו לצמצם עד שהגיעו למשפחה "חריגה" של אנזימים לצד אזור ארוך של רצפי DNA חוזרים, שדומים לאלה של CRISPR. החברה קראה למערכת ART, ראשי תיבות של array-associated reverse transcriptases. היא נמצאת ב-jumbo phages, נגיפים גדולים שתוקפים חיידקים.
"אנחנו עדיין לא מבינים מה המערכת הזו עושה", כתבה החברה ב-X, "אבל רק מעט מערכות מוכרות חולקות את המאפיינים שלה, וכולן מסוגלות לחתוך, להעתיק ולהדביק DNA". זה הממצא הראשון של קבוצת מחקר שאנתרופיק הקימה מוקדם יותר השנה. החברה הקימה גם מעבדה ניסויית (wet lab) לגילוי תרופות.
הספקנות
הדוח הטכני כולל ניסוי פיזי אחד, והוא עדיין לא עבר ביקורת עמיתים. לא ידוע אם אפשר להשתמש ב-ART ככלי לעריכה גנטית, ואם כן, עד כמה הוא יהיה שימושי. "הניסויים עדיין בתור. יחסי הציבור כבר באוויר", אמר ל-Wired פרופ' לה קונג (Le Cong) מאוניברסיטת סטנפורד. הוא המחיש את הבעיה בדימוי: "נניח שאנחנו בחוף סנטה מוניקה ומנסים לסרוק את כל החול כדי למצוא יהלום. ה-AI מצא משהו שנראה מבריק מאוד, ועכשיו צריך לחזור למעבדה ולבדוק: זכוכית או יהלום?"
גם אחד הסוכנים עצמו, שכתב בהתלהבות שהוא מזהה "מערך חזרות דמוי CRISPR", ציין שהמערכת עשויה להיות retron. גם CRISPR וגם retrons הם מערכות חיסון של חיידקים, אבל ל-retrons יש שימושים מוגבלים יותר בעריכה גנטית. הבחירה של החברה להבליט דווקא את ההשוואה ל-CRISPR היא ככל הנראה גם החלטה תקשורתית.
סת' שיפמן (Seth Shipman) מ-Gladstone Institutes, שהמעבדה שלו בנתה כלי עריכה גנטית על בסיס retrons, לא חושב שמדובר במערכת CRISPR חדשה. "החידוש הוא באופן שבו מצאו את זה, לא במה שזה", אמר. לדבריו, כרייה ידנית של מאגרים גנומיים כדי לזהות reverse transcriptases חדשים יכולה להימשך חודשים, ולכן לעשות אותה ביום אחד זה מרשים. עם זאת, הוא הזהיר מלייחס את הגילוי למודל בלבד: "צריך להיזהר מלומר ש-Claude גילה משהו באופן אוטונומי, כי יש מדענים שמעורבים במחקר".
יתרה מזאת, ה-reverse transcriptase עצמו כבר זוהה ב-2021 במאמר על jumbo phages של ג'ייסון גיל (Jason Gill) מאוניברסיטת Texas A&M ועמיתיו. מה שכנראה חדש הוא הרצפים החוזרים ש-Claude זיהה סביבו. "המודלים האלה טובים במציאת דפוסים, יותר מאדם שבוהה בנתונים בעיניים", אמר גיל, והוסיף שלא נראה קשר "ברור" בין ART לאף מערכת CRISPR מוכרת. לדבריו, עכשיו אנתרופיק צריכה להוכיח שהמערכת באמת מסוגלת לערוך גנים.
למה זה חשוב
המקרה ממחיש את המקום שבו AI כנראה תורם כבר היום למחקר ביולוגי: סריקה מהירה של כמויות עצומות של נתונים לאיתור דפוסים שבני אדם היו מוצאים רק אחרי חודשים, או רק אם כבר היה להם כיוון מחקרי. אבל המרחק בין "משהו מבריק בחול" לבין כלי עריכה גנטית עובר במעבדה, ושם העבודה רק מתחילה. פיודור אורנוב (Fyodor Urnov) מאוניברסיטת ברקלי, שהמכון שלו משתף פעולה עם אנתרופיק אבל לא היה מעורב בגילוי הזה, שיבח את החברה על כך שפרסמה את הממצא. השאלה אם יש לו ערך מעשי עדיין פתוחה.